Avrupa Birliği, önce aday ülkelerin her biri için ne kadar fon ayıracağını belirlemekte, miktarın belirlenmesinin ardından, bu fonların hangi programların desteklenmesinde kullanılacağına karar vermektedir. Bu süreçte, Avrupa Birliği tek başına karar almamakta; Avrupa Komisyonu temsilcileri Türk yetkililer ile bir araya gelerek programlama toplantıları düzenlemektedir.
Toplantılarda program seçimi yapılırken; söz konusu programın Türkiye’nin AB müktesebatına uyumuna katkıda bulunması, Ulusal Programdaki önceliklere destek vermesi ve katılım öncesi stratejilerin uygulanmasına katkıda bulunması şartı aranmaktadır.
Programların seçimi konusunda nihai karar Avrupa Komisyonu ve Avrupa Birliği Genel Sekreterliği ve ilgili bakanlıklar tarafından verilmektedir.