Türkiye, Estonya'yı bağımsızlığını ilan ettiği 1991 yılında resmen tanımıştır. Bu tarihten itibaren iki ülke arasındaki ilişkilerin dostane bir şekilde devam etmiş olmasına rağmen ticari ve ekonomik ilişkiler gerçek potansiyeli yansıtmaktan çok uzak kalmıştır.

Nitekim, 1991’den sonra başlayan ikili ticaretimiz 2007 yılına kadar zayıf kalmış, ancak 2008 yılında ihracatımızda neredeyse 3 kat artış kaydedilmiştir (81 milyon dolardan 240 milyon dolara geçiş); ithalatımızda da 1.5 katlık bir artış olmuştur (167 milyon dolardan 261 milyon dolara geçilmiştir).